Swissair übernahm ab Werk 21 DC-9-30 und zusammen mit der DC-9-51 war die DC-9 das Arbeitspferd der Swissair auf der Kurz- und Mittelstrecke. Die ersten DC-9-32 wurden 1967 übernommen und der Ersatz der Caravelle abgeschlossen werden. Swissair konzentrierte sich vor der Übernahme der DC-9-31 auf die DC-9-15, von der fünf Flugzeuge zur Auslieferung kamen. Sehr schnell erwies sich die DC-9-15 aber als viel zu klein für die Bedürfnisse und schon 1968 hatten sämtliche DC-9-15 zugunsten der DC-9-32 die Flotte verlassen. Mit Lieferung der ersten MD-81 wurde die DC-9-32-Flotte reduziert. So wurden die ersten zwei DC-9-32 im Herbst 1980 an die Texas International veräußert. 1981 und 1982 gingen insgesamt weitere 12 DC-9-32 an Texas International und die DC-9-32-Restflotte wurde über die nächsten Jahre schrittweise weiter reduziert. Die DC-9-32 HB-IFH führte am 28. Oktober 1988 mit Presse und Gästen einen offiziellen Abschiedsflug durch, aber der letzte kommerzielle Einsatz soll genau eine Woche später stattgefunden haben.